El Pontificio Seminario Palafoxiano fue fundado en 1644 por el Venerable Don Juan de Palafox y Mendoza, de acuerdo al mandato del Concilio de Trento, contando con la Cédula Real del 14 de Julio de 1643, confirmada por Bula del Papa Inocencio X el 22 de Mayo de 1648.

Las instalaciones del actual Seminario Palafoxiano, que fueron inauguradas en 1964 por el entonces Arzobispo de Puebla, Mons. Octaviano Márquez y Toríz, se encuentran edificadas en un terreno de 35 hectáreas y constan de un complejo de  4 edificios.

Bajo la autoridad del Señor Arzobispo, Dr. Rosendo Huesca Pacheco, el Seminario Mayor Palafoxiano cuenta con un claustro de 34 sacerdotes, la mayoría de ellos con estudios especializados realizados en Universidades de Roma, y es guiado por un equipo Coordinador de la Formación, integrado por el Padre Rector, el Padre Vicerrector, los Padres Asesores, los Padres Espirituales, los Padres Prefectos, los Padres Directores y Subdirectores de Áreas, el Padre Ecónomo, y el Padre Secretario.

Actualmente cuenta con 163 seminaristas:41 en el curso introductorio, 64 estudiantes de Teología y 79 estudiantes de Filosofía, 13 seminaristas en Experiencia Pastoral. 12 Diáconos.

Por su parte, el Seminario Menor cuenta con un equipo de 2 Padres Asesores y dos Padres Espirituales, guiados por el Padre Vicerrector del Seminario Menor, y cuenta actualmente con 80 seminaristas que estudian el bachillerato.

La atención de los servicios alimenticios de los formadores y de los seminaristas, así como de las personas que trabajan en el Seminario, está a cargo de  las Hermanas Hijas de la Pasión de Jesucristo y de María Dolorosa.